Roman d’aventures et d’apprentissage, La cité des dieux sauvages s’adresse aux adolescents, une information qui n’est toutefois pas fournie au lecteur qui risque de se sentir floué s’il s’attendait à une œuvre de la nature des romans précédents de la célèbre romancière.
Un bouleversement survenu dans leur famille respective explique la présence exceptionnelle des deux héros, Alexander, quinze ans, et Nadia, douze ans, au sein d’une expédition scientifique financée par l’International Geographic. Les chercheurs disposent de trois semaines pour trouver au cœur de la forêt amazonienne ce qu’il est convenu d’appeler La Bête. Il s’agirait d’un animal sauvage de plus de trois mètres de haut, parlant un langage articulé, dont l’odeur indescriptible ferait s’évanouir ceux qui s’en approchent. Dans cet environnement exotique et sauvage, les dangers fourmillent et font des victimes parmi les explorateurs. Mais les deux jeunes héros, eux, surmontent toutes les épreuves qui ne leur sont pourtant pas épargnées, et, petit à petit, l’Aigle Nadia et Alexander, le Jaguar, perçoivent en eux les qualités de l’animal totémique que leur ont attribuées les Gens de la Brume, peuple indigène invisible qui les a accueillis provisoirement à l’insu des adultes de l’expédition. En outre, chacun découvrira le pouvoir magique de l’objet dont il ne se sépare jamais, le talisman que le chaman a confié à Nadia et la flûte dont Alexander a hérité du musicien célèbre que fut son grand-père. Le merveilleux s’immisce donc dans ce récit, s’entremêlant aux mythes et croyances des peuples indigènes d’Amazonie.
Par ailleurs, cette contrée sauvage, propice à l’aventure et au dépaysement, se prête particulièrement bien au traitement du thème de l’écologie, soit du respect des peuples indigènes, de leur habitat et de leur mode de vie. Aussi, le riche exploiteur et ses acolytes, le général de l’armée et la docteure qui lui servent d’alibi, seront-ils démasqués, et la population sera alertée quant au génocide qu’ils planifiaient. Les deux jeunes héros auront découvert leurs forces en apprivoisant la nature, en s’ouvrant à la différence et en débusquant l’injustice.